Тарих давомидаги урушлар ва вайронагарчиликлар ислом оламининг ноёб кутубхоналари ва уларнинг бебаҳо бойликларининг йўқ бўлишига олиб келди.
Кордова кутубхонаси
Кордова кутубхонаси асосан халифа Ҳакам II (915-976) саъй-ҳаракатлари билан яратилган бўлиб, ўз вақтида ислом оламидаги энг йирик китоблар тўплами эди. Қайд этилишича, унда 400-600 минг қўлёзма бўлган, аммо тарихчилар бу маълумотни муболаға деб билишади. Ҳакам II вафотидан кейин зарарли ва бидъат деб топилган китобларнинг бир қисми ёқиб юборилган. XI аср бошларида кутубхона талон-тарож қилинди.
Фотимийлар кутубхонаси
Унга халифа ал-Азиз (975-996) асос солган. Фотимийлар сулоласининг олтинчи халифаси ал-Ҳаким (996-1021) 1002 йилда Қоҳирада “Дор ал-илм”га (“Билимлар уйи”) асос солгач, кутубхона даврнинг энг йирик илмий марказига айланган ушбу муассасага ўтказилди. Ноёб китоблар тўплами халифа ал-Мустансир (1029-1094) давридаги талотўпларда йўқолган. Кутубхонанинг бир қисми сотилган, баъзи китоблар талон-тарож қилинган, бинонинг ўзи эса касалхонага айлантирилган.
Бану Аммор кутубхонаси
1070 йилдан 1109 йилгача Ливаннинг Триполи шаҳрида Бану Аммор қозилар оиласи ҳукмронлик қилди. Триполи мавқеини мустаҳкамлаш мақсадида улар шаҳарни илмий марказга айлантириш учун катта маблағ сарфлади. Бу ерда “Билимлар уйи” ташкил этилган ва у ерда 10 000 жилддан иборат кутубхона бўлган. 1109 йилда шаҳар салибчилар томонидан босиб олингач, китоблар ёқиб юборилди.
Ҳикматлар уйи кутубхонаси
Бағдоддаги машҳур Ҳикматлар уйида йирик кутубхона бўлган. 1258 йилда мўғуллар шаҳарни эгаллаб олингандан сўнг у вайрон қилинган ва китоблар Дажла дарёсига ташланган.
Гранада кутубхонаси
Толедо архиепископи ва Испания инквизициясининг раҳбари, кардинал Хименес де Сиснероснинг буйруғи билан 1499 йилда майдонда 5000 арабча қўлёзма, шу жумладан, маҳаллий мадраса китоблари ёқиб юборилган.
Ливан Миллий кутубхонаси
Кутубхона 1921 йилда Байрутда ташкил этилган. Фуқаролар уруши (1975-1990) даврида у бир неча бор бомбардимон ва талон-тарож қилинган. Баъзи манбаларга кўра, энг қимматли қўлёзмалардан 1200 таси йўқолган.
Сараево Шарқшунослик институти
Сараево Шарқшунослик институтида дунёдаги энг бой Шарқ қўлёзмалари тўпламдан бири сақланар эди. 1992 йил май ойида Сараевони ўққа тутиш пайтида снарядлар бинога тушди ва ёнғин бошланди. Ёниб кетган қўлёзмалар орасида араб, форс, турк, иброний ва арабика тилларида ёзилган 5263 та қўлёзма, шунингдек, усмонийлар даврига оид ўн минглаб ҳужжатлар бор эди.
Босния ва Герцеговина миллий ва университет кутубхонаси
1992 йил 25 августда Сараево қамалида кутубхона ўққа тутилди ва ёниб кетди. 700 га яқин қўлёзмалар, шунингдек, XIX асрдаги Босния нашрларининг ноёб коллекцияси ўғирланган. Кутубхонада 155 мингдан ортиқ нодир китоблар ва қўлёзмалар мавжуд эди, уларнинг аксариятини сақлаб қолиб бўлмади.
Ироқ кутубхоналари
Уруш йилларида Ироқ Миллий кутубхонаси ва архиви, Ал-Авқоф кутубхонаси, Бағдод университети марказий кутубхонаси, Байт ал-Ҳикма кутубхонаси, Мосул университети марказий кутубхонаси каби Ироқнинг кўплаб кутубхоналари зарар кўрди. Ироқ Миллий кутубхонаси ва архиви 2003 йилда атайлаб ёқиб юборилгани ҳақидаги иддаолар бор. Бунинг учун кутубхона ҳимоясини ташкил қилмаган АҚШ армияси ҳам айбланган. Барча архив материалларининг 60 фоизи, китоблар, газеталар, нодир китоблар 25 фоизи, тарихий фотосуратлар ва хариталарнинг аксарияти йўқ бўлди. Йўқолганлар орасида Қуръоннинг энг қадимги нусхаларидан бири ҳам бор эди.