1917 йилнинг 26 ноябрида Қўқонда тузилган Туркистон мухторияти 1918 йилнинг 19 февралида ағдариб ташланган эди.
1918 йил январида кунларида Тошкентда Туркистон ўлкаси ишчи, солдат ва деҳқон депутатларининг фавқулодда IV съезди бўлиб ўтди. Съезд ишида большевиклар томонидан Туркистон мухторияти тўғрисида резолюция таклиф этилди ва у бир овоздан қабул қилинди. Резолюцияда мухторият ноқонуний тузилма деб эълон қилинди. Қўқонга ҳарбий юриш қилиб, мухториятни ағдариб ташлашга қарор қилинди.
Большевиклар Туркистон ўлкасига мухторият бериш ниятида эмаслиги ойдинлашди. Уларнинг мақсади нима қилиб бўлса ҳам, ўлкани Россия таркибида мустамлака тарзида сақлаб қолиш эди.
Улар Туркистон мухториятини йиқитишни бирламчи вазифаси ўлароқ қабул қилди. Тошкент большевиклар раҳбари бўлган Колесов Марказдан ёрдам кучларини сўради. Марказ минтақага 11 та эшелонда 10 мингдан ошиқ аскар жўнатди. Уларга арман дашноқлари ҳам қўшилди. Аскарлар Тошкентга етиб келганидан Қўқонга сафарбар этилди.
1918 йил 30 январда Туркистон халқ комиссарлари совети мухторият ҳукуматини тугатиш учун ҳарбий ҳаракатлар бошлади. Большевиклар мухторият раҳбариятига сўзсиз таслим бўлиш ва ихтиёридаги қўшинларни тарқатиб юбориш талабини қўйди. Мухторият раҳбарияти бу талабга кўнмагач, 31 январь куни ҳужум бошланди.
Қарийб уч ҳафта давом этган жанглардан сўнг 19 февраль куни Туркистон мухторияти қўшинлари батамом мағлубиятга учради, ҳукумат большевиклар томонидан ағдариб ташланди.
Бўлиб ўтган жангларда мухториятнинг айрим вазирлари ҳалок бўлди, айримлари қўлга олинди. Муҳаммаджон Тинишбоевнинг истеъфосидан сўнг раҳбар бўлган Мустафо Чўқай Қўқонни тарк этиб, яширинишга мажбур бўлди.
Жангда қизил аскарлар ва уларга ёрдам берган арман дашноқлари ҳеч кимни аямади. Мухторият армияси аскарларидан ташқари, Қўқон шаҳри аҳолисидан 10 минг киши ўлдирди. Бу воқеалардан кейин дашноқ тўдалари бутун Фарғонага тарқалиб, Чуст, Бозорқўрғон, Марғилон ва бошқа ҳудудларда қирғин уюштирди.
Қизил аскарлар Қўқонда амалга оширган хунрезликларини кўрган маҳаллий аҳоли мухторият йиқитилганидан сўнг большевикларга қарши озодлик урушига отланди. Миллий истиқлол учун бўлиб ўтган бу кураш қаҳрамонлари большевиклар томонидан «босмачилик ҳаракати» деб аталди. Озодлик уруши Туркистоннинг турли ҳудудларида турли йилларгача давом этди.
Туркистон мухторияти мағлубиятга учрагач, ўлка батамом Россия қўл остида қолди. Большевиклар Туркистон АССРни тузган бўлса-да, у қўғирчоқ республика эди ва амалда ҳеч қандай мухтор ҳуқуқлари йўқ эди. ТАССР 1924 йилда Ўзбекистон ССР тузилгунига қадар яшади.
